Versteckte Ordner?
Bin mir nicht ganz sicher, ob ich Dich richtig verstehe.
Jedenfalls kann man ganze Ordner auf einmal hinzufügen. Nur muss man dazu erst einmal alle Dateien/Ordner einblenden. Dazu im Projektmappenexplorer oben das Symbol mit Tooltip "Alle Dateien anzeigen" anwählen. Nun werden Dateien und Verzeichnisse, die nicht Bestandteil des Projektes sind ebenfalls angezeigt, und zwar weiß, mit einem gestrichelten Rand. Beim gesuchten Element nun einen rechten Mausklick ausführen und im Kontextmenü "In Projekt einbinden" wählen. Wenn man so alle gewünschten Elemente eingebunden hat, dann kann man im Projektmappenexplorer das Symbol nochmal anklicken, und es werden wieder nur die eingebundenen Elemente angezeigt.